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①单纯蛋白质的酶：这类酶完全由α-氨基酸按一定的排列顺序组成。
②结合蛋白质的酶：体内大多数酶属于结合蛋白质的酶类。由氨基酸构成的蛋白质部分外，还含有其他小分子有机化合物或金属离子构成的辅助因子。根据辅助因子与酶蛋白结合的牢固程度不同，又分为辅基或辅酶。酶的蛋白质部分称为酶蛋白。酶蛋白与辅助因子组合成全酶。辅基与酶蛋白结合牢固，不能用透析、超滤等简单的物理化学方法使之分开。辅酶与酶蛋白以非共价键结合。
一种酶蛋白只能与一种辅助因子结合，形成一种特异性的酶，而一种辅助因子则可与不同的酶蛋白结合，形成多种特异性的酶，催化各种特异的化学反应。
绝大多数辅酶成分中均含有不同的B族维生素。辅基大多为金属离子。
对结合(蛋白质的)酶类而言，决定酶反应特异性的是酶蛋白部分，辅助因子参与酶蛋白催化的反应，直接与电子、原子或某些化学基团的传递或连结有关。
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