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财政部、科技部联合颁布新修订的《科学事业单位财务制度》(以下简称《财务制度》)，自2013年1月1日开始实施。从修订内容看，对于科学事业单位的预算管理、项目管理和资产管理等更趋科学化精细化。
随着我国公共财政体制的逐步完善和科技体制改革的不断深入，1997年财政部、原国家科委颁布的《科学事业单位财务制度》部分内容已不能完全适应新要求。据财政部教科文司有关负责人介绍，这次修订的主要内容有：
加强了科学事业单位的预算、收支和结转结余管理。一是要求单位所有的收入和支出全部纳入单位预算，完善了预算编制程序;加强预算执行管理，严格预算执行制度，尽量减少预算执行过程中的调整;增加决算管理内容，强化决算管理，体现预决算管理的完整性。二实行了“大收大支”管理，修改完善财政补助收入和事业支出的定义，在事业收入中新增教学活动收入，在支出管理中增加了部门预算、国库集中支付、政府采购、票据管理等制度改革和管理有关要求。三是将原结余划分为结转和结余并实行不同管理;将结转和结余又划分为财政拨款结转和结余、非财政拨款结转和结余两部分，并分别作出原则性规定，以满足对这两类不同性质的资金管理需要。
加强科研项目资金管理。一是明确单位是科研项目预算管理的责任主体，对科学、合理、真实地编制科研项目预算提出了明确要求，并规定科研项目经费预算要按要求进行公开等。二是明确规定科研项目资金，应当按照国家有关规定或者合同要求进行管理，不得截留、挤占、挪用和违反规定转拨资金，不得虚列支出，不得以任何形式谋取私利。三是针对目前部分科研项目存在结题后长期挂账、不按规定结题结账、对结转结余经费不按规定执行等情况，对科研项目资金结转结余进行了规范。
加强科学事业单位资产管理，规范了内部成本费用核算。一是新制度提高了固定资产单位价值标准，将单位价值从500元以上提高到1000元以上。二是明确规定单位应当在保证正常运转和事业发展的前提下对外投资，并履行相关审批程序;强调科学事业单位不得使用财政拨款及其结余进行对外投资，不得从事股票、期货、基金、企业债券等投资。三是要求单位建立资产共享共用制度。四是明确规定对固定资产计提折旧，对无形资产进行摊销，以真实反映单位固定资产和无形资产的价值，为实施内部成本费用管理打下基础，创造便利条件。同时，对固定资产计提折旧办法和无形资产摊销办法作了原则性规定，规定折旧和摊销不在单位当期支出中反映，对单位的正常支出管理不产生冲击。
《财务制度》规定，具备条件的科学事业单位应当在支出管理的基础上，按照财务主管部门和财政部门的要求或者根据业务发展需要，以科研项目为基本核算对象实施内部成本费用管理，并对内部成本核算的对象、方法、各类成本费用的界定和划分等进行了统一的规定，建立起比原制度更加规范的成本费用管理办法，促进科学事业单位加强经济核算，加强绩效管理。
《财务制度》增设了“财务监督”一章。一是要求对单位财务运行的全过程实施监督，包括对预算管理、收入管理、支出管理、科研项目资金管理、结转和结余管理、专用基金管理、资产管理、负债管理等的监督。二是明确实行事前监督、事中监督、事后监督相结合，日常监督与专项监督相结合。三是要求单位应当建立健全内部控制制度、经济责任制度、财务信息披露制度等监督制度，并依法接受财务主管部门和财政、审计部门的监督。
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