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股权出资，作为一种重要的投资方式，本身就有很复杂的专业构成;公司法的修改，会计准则与国际会计准则的趋同和接轨，特别是我国经济结构优化升级以及经济增长方式的转换。
我国以企业所得税法为代表的新一轮税收法律制度的优化和调整，使得税收政策和规定更加完善，但确实存在着新老规定的接轨和衔接问题，也存在着对新投资方式的规范和调整的问题。
股权出资作为一项新的投资方式，与既有的投资制度有待衔接，相关环节和领域还留有制度误区。
第一，国家税务总局2011年34号公告规定，被投资企业发生的经营亏损，由被投资企业按规定结转弥补;投资企业不得调整减低其投资成本，也不得将其确认为投资损失。其与发生吸收合并或者新设合并，与股权或资产的收购存在特殊性税务处理的59号文可以亏损递延的规定存在冲突，相关解释尚未出台。
第二，目标公司的盈余公积和未分配利润，在股权转让中不可以税前扣除，但在换股的过程中是否可以税前扣除，换股或股权出资是否等于股权转让，目前尚无定论。
第三，股权出资中相关股权投资初始成本的确定，如何处理其与相关计税基础确定间的关系，也还没有规定。
为此，应对股权出资的置换模式和合并模式的会计处理和税务处理分别明确相应的会计和税收政策。同时，将相关税收政策的完善与股权出资中的验资政策规定和工商部门的登记确认一致起来，避免前后冲突导致资本金足额和充分认定上的不确定。
