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影响项目的组织因素很多，上一节已经作了阐述，但在设计和确定某一具体项目管理的组织结构时，最重要的依据是以下几个方面：
1.项目自身的特点
包括项目规模、工作内容、工作时间、工作性质、已有资源状况等。每个项目都有其各自的特性。不同的项目规模、工作内容、完成时间、工作性质等决定项目的不同组织结构形式。例如，对于工作量小、时间紧的项目可能采取职能式的组织结构;对于工作量大、项目周期长的项目可能采取项目式的组织结构等。
2.承担项目任务公司的管理水平和对项目的管理要求
公司的管理水平和对项目管理的要求直接影响了项目组织结构的选择。例如，有的公司对哪类项目采取何种组织结构形式进行了明确的规定，有的公司明确要求不允许项目团队自己管理财务等，有的公司对项目管理的组织方式选择交给项目经理去负责等等。所有这些对项目管理组织结构形式的确定都有重大影响。但有一点必须指出，无论公司规定如何，采用的组织结构形式更合理、更符合实际是最重要的。
3.委托方的要求
为了完成好项目工作，有时委托方对项目的具体工作提出了具体的要求，指定采取何种方式，要与哪些公司合作，希望有哪些人员参加等。这些要求的满足，在一定程度上为组织结构形式的确定增加了约束。
4.项目的资源情况
项目资源包括项目的信息资源、人力资源、时间资源及资金资源等。对于一个已拥有较多信息资源、人力资源、时间资源，而资金资源相对缺乏的项目来说，采取职能式、矩阵式项目组织结构形式即可;而对于信息资源与人力资源相对不足，而资金资源与时间资源较为充分的项目来说，借用外部力量，采用项目式组织结构形式可能更为适宜。
5.国家的有关法规
除了前面所说的各方面因素外，国家对项目管理的有关规定有时对项目的组织结构形式也会产生影响。例如，要求新建工程项目的组织机构必须符合国家关于法人治理结构的要求;在代理招标的项目中，工程招标项目的组织设置与关系的确定要能满足招投标法对招标有关文件严格保密的要求，等等。
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