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申请者需要进入国家药品监督管理局网上办事大厅（官网地址：https://zwfw.nmpa.gov.cn/web/index），点击标题栏里的其他，点击全国执业药师注册管理信息系统中的在线办理按钮，进行注册。
执业药师注册的设定根据主要有：
1.《国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》（国务院令第412号）对确需保留且符合《中华人民共和国行政许可法》第十二条规定事项的行政审批项目，根据《中华人民共和国行政许可法》第十四条第二款的规定，现决定予以保留并设定行政许可，共500项。第355项，执业药师注册。
2.《国务院办公厅关于全面实行行政许可事项清单管理的通知》（国办发〔2022〕2号）第950项，执业药师注册。
3.《执业药师职业资格制度规定》（国药监人〔2019〕12号）第十一条 执业药师实行注册制度。国家药监局负责执业药师注册的政策制定和组织实施，指导全国执业药师注册管理工作。各省、自治区、直辖市药品监督管理部门负责本行政区域内的执业药师注册管理工作。
4.《执业药师注册管理办法》（国药监人〔2021〕36号）第四条 国家药品监督管理局负责执业药师注册的政策制定和组织实施，指导监督全国执业药师注册管理工作。国家药品监督管理局执业药师资格认证中心承担全国执业药师注册管理工作。各省、自治区、直辖市药品监督管理部门负责本行政区域内的执业药师注册及其相关监督管理工作。
近年来国家对于执业药师更加重视，执业药师从业人员全部要求进行信息注册，以便统一管理和政策通知。
执业药师证书注册办理的流程包括：申请人进行注册申请-注册机构受理-审查申请资料-复查申请-准许决定签发注册证书-送达证书。
执业药师资格证书申请注册时，证书持有人姓名中包含生僻字的，在填写持证人姓名时，请点击右侧生僻字输入按钮。持证人员通过拼音查询并选择正确的汉字。