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申请人员需要登入国家药品监督管理局网上办事大厅（网址：https://zwfw.nmpa.gov.cn/web/index），点击标题栏里的其他，点击全国执业药师注册管理信息系统中的在线办理选项，办理注册。
《国务院办公厅关于全面实行行政许可事项清单管理的通知》中确定省级药监部门为执业药师注册的实施机关。《执业药师注册管理办法》中规定各省市、自治区、直辖市药品监督管理机构负责本行政区域内的执业药师注册及其相关监督管理工作。
有下列情形之一的，药品监督管理部门不予注册执业药师：
1、不具有完全民事行为能力的；
2、甲类、乙类传染病传染期、精神疾病发病期等健康状况不适宜或者不能胜任相应业务工作的；
3、受到刑事处罚，自刑罚执行完毕那天到申请注册那天不满三年时长的；
4、未按规定完成继续教育学习的；
5、近三年增加了新的不良信息记录的；
6、国家规定不宜从事执业药师业务的其他情形。
在申请办理执业药师注册时，需要核对注册要求，以免影响正常注册。
依据规定，执业药师应当妥善保管《执业药师注册证》，不得买卖、租借和涂改。假如发生损坏，当事人应当及时持损坏证书向原发证部门申请换发。假如弄丢证书，当事人向原发证部门申请补发。