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根据二建专业的考试难度排名，水利是难于市政的，具体哪科比较好考还是要因人而异的。无论水利还是市政考试难度都是存在的，如果考生没有水利方面的专业基础的话，考试难度还是很大。市政考试的内容比较多，需要记忆的东西也多。一般来说，如果考生没有相应的的专业基础的话，无论报考哪个专业在复习都需要把实务科目复习好。
二级建造师考试分为市政工程和水利工程，这是一种择业的选择，从考试内容和要求上来看，市政工程和水利工程各有特点。
市政工程包括公路、桥梁、地下管廊、隧道等工程，考试内容涉及建筑、结构、土木工程、桥梁、隧道、路基、港口、水利等的设计、施工、维修等方面的理论知识。需要考生对有关设计规范、施工技术、安全技术等有深入的理解，具有一定的计算感知能力和施工组织能力。
水利工程主要考察水资源计划、水文学、堤坝、水库、泵站等水利方面的设计与施工。考生在考试中需要掌握水文学、水工设计制图、水利建筑物设计以及水利水电设施运行维护等有关知识。此外，对水利施工现场安全护理，监测预警管理，水利节水优化等方面的知识也将会被考查。
从自身考试出发，报考的专业最好是与你所学或者说工作经验相符合最好，这样有利于通过，同时也与报考的使用单位有关系，最好是对应你单位的资质，这样有利于审核的通过。
从未来的发展角度看，水利专业性要强于市政，一般都是从事该行业的人员，市政的话考试内容是多比较的，知识面也是很广的。